Na escola Shibusen, localizada no estado americano de Nevada, munidos de suas respectivas armas, as artesãs e os artesãos Maka Albarn e Soul Eater Evans; Black Star e Tsubaki Nakatsukasa; e Death the Kid, Patti Thompson e Lizzy Thompsoncriada lutam para eliminar os Ovos de Kishins, seres que usam a alma de humanos para se tornarem mais poderosos, e bruxas que vivem aterrorizando o mundo.